В Северной Америке черноплодная рябина поражается 18 видами патогенных грибов. В условиях нашей страны она также подвержена некоторым заболеваниям.
 
Так, на Сахалине цветоножки, цветки, бутоны и листья черноплодной рябины поражаются грибом Monilia aucuparia. В Ленинградской области зарегистрировано шесть видов грибов, обнаруженных на усыхающих ветвях черноплодной рябины.
 
В Алтайском крае распространена бурая пятнистость листьев рябины. Это заболевание грибное. В июне на листьях появляются округлые бурые пятна до 5 мм в диаметре. В июле - августе центр пятна становится серым и на нем образуются темные точки плодовых образований гриба, наполненных спорами. Разносимые ветром споры попадают на здоровые листья и заражают их. Пятна занимают от 1/2 до 2/3 площади листьев, вызывая их покраснение и преждевременное опадание. Зимует гриб на опавших листьях. Эта болезнь сильнее поражает затененные или расположенные в нижней части куста листья. Во влажные годы значительный ущерб болезнь причиняет густым, плохо проветриваемым старым насаждениям рябины. Поэтому в профилактических целях рябину следует высаживать на хорошо освещенных и продуваемых ветром участках, не загущать в рядах и междурядьях, систематически уничтожать сорняки, особенно высокорослые.
 
Борьбу с бурой пятнистостью начинают при появлении на листьях первых признаков заболевания. Проводят, в частности, три опрыскивания бордоской жидкостью: первое - по окончании цветения, второе и третье  с интервалами в 10 дней. Вместо бордоской жидкости можно использовать цинеб или цирам (0,5-1 % -ной концентрации), или хлорокись меди.